Az Alkalmazott Informatikai és Alkalmazott Matematikai Doktori Iskola (AIAMDI) 2009-ben kezdte meg tevékenységét. Célja olyan - alapvetően műszaki háttérrel rendelkező - kutatók képzése, akik egyaránt járatosak az informatika, a számítástudomány, valamint az alkalmazott matematika területén és az elsajátított multidiszciplináris ismeretek szinergikus, alkotó módon történő alkalmazása révén képesek önállóan megoldani valós ipari igényekre épülő kutatási és fejlesztési feladatokat. A Doktori Iskola az informatikai területen belül a kiber-orvosi rendszerekre, a robotikai területre, valamint a mérnöki számítási módszerekre és modellekre koncentrál. Az Iskola alkalmazott matematikai ága az előbbi témákat megalapozó, ill. támogató alkalmazott matematikai területekre helyezi a hangsúlyt. Az Óbudai Egyetem és az Universita degli Studi di Milano között 2011-ben létrejött szerződés alapján az Alkalmazott Informatikai és Alkalmazott Matematikai Doktori Iskolája és a PhD School in Information Technology duális PhD fokozatot ítélhet oda a megállapodásban rögzített feltételek teljesülése esetén.