Kubota jelenleg a Tokiói Fővárosi Egyetem Rendszertervezési Karán a Gépészeti Rendszerek Mérnöki Tanszék professzora, továbbá a közösségközpontú rendszerkutatási részleg igazgatója. 1992-ben végzett az Osakai Kyoiku Egyetemen, majd 1994-ben szerzett M.E. fokozatot a Hokkaido Egyetemen, és 1997-ben D.E. fokozatot a Nagoyai Egyetemen, Japánban. 1997 és 2000 között adjunktusként és tanársegédként dolgozott az Osakai Műszaki Intézet Gépészeti Tanszékén. 2000-ben csatlakozott a Fukui Egyetem Mérnöki Karának Emberi és Mesterséges Intelligencia Rendszerek Tanszékéhez, Japánban, mint docens. 2004-ben csatlakozott a Tokiói Fővárosi Egyetem Gépészmérnöki Tanszékéhez, a Mérnöki Kar docenseként. 2005-től 2012-ig docens, majd 2012-től professzor a Tokiói Fővárosi Egyetem Rendszertervezési Karán. 2007-ben és 2009-ben vendégprofesszorként dolgozott a Portsmouthi Egyetemen, az Egyesült Királyságban, és 2009 és 2012 között meghívott vendégprofesszorként a Szöuli Nemzeti Egyetemen, valamint más intézményekben is. Jelenlegi kutatási területei közé tartoznak a topológiai térképezés, a koevolúciós számítás, a tüskés ideghálózatok, az észlelésalapú robotika, a robot partnerek, és az információs szerkezetű tér. Több mint 500 lektorált folyóiratcikket és konferenciaelőadást publikált ezekben a kutatási területekben. Számos rangos díjat nyert, többek között a legjobb dolgozat díját az IEEE IECON 1996, IEEE CIRA 1997, MHS 2011, WAC 2012, és HSI 2016 konferenciákon. 1999 és 2010 között a IEEE Transactions on Fuzzy Systems folyóirat társzerkesztője volt, 2007 és 2014 között pedig az IEEE CIS Intelligent Systems Applications műszaki bizottságának robotikai munkacsoportjának elnöke. 2018 óta az IEEE Rendszerek, Ember és Kibernetika Társaság japán részlegének elnöke, 2020-tól a Tokiói Biomarker Innovációs Kutatási Egyesület igazgatóhelyettese is többek között.