A Pénzügyi Főosztály felel az Egyetem gazdálkodással összefüggő feladatai ellátásának irányításáért, koordinálásáért és végrehajtásáért, végzi az Egyetem költségvetés-tervezéssel, végrehajtással, kapcsolatos feladatait, irányítja a monitoring és kontrolling feladatok ellátását, valamint biztosítja a munkaügyi feladatok ellátását.

A Pénzügyi Főosztályhoz tartoznak az alábbi irodák:

a) Pénzügyi és Számviteli Iroda:
A Pénzügyi és Számviteli Iroda látja el az Egyetem gazdálkodási tevékenységéhez kapcsolódó nyilvántartási, könyvvezetési, pénzforgalom lebonyolítási és adatszolgáltatással összefüggő feladatokat.

b) Bér-és Munkaügyi Iroda:
A Bér- és Munkaügyi Iroda látja el az bérek és egyéb juttatások számfejtésével, illetve a személyi jövedelemadóval összefüggő munkáltatói feladatokat, valamint a foglalkoztatottakkal kapcsolatos munkaügyi teendőket.

c) Kontrolling Iroda:
A Kontrolling Iroda látja el költségvetési és egyéb központi pénzügyi források tervezésével, tervezés végrehajtásához kapcsolódó módszertani támogatás nyújtásával, önköltségszámítások elvégzésével összefüggő feladatokat.