A tudós kutatásait a terrorizmus, a kiberterrorizmus, a migrációkutatás és a vallási fanatizmus köré csoportosította. Először az 1970-es évek elején látogatott el Magyarországra. Legutóbb Besenyő János, az Óbudai Egyetem munkatársának meghívására érkezett vendégprofesszorként a Bánki Karra 2020 őszén. Ittlétének célja, hogy tanítson és kutatásokat folytasson, közben tapasztalatait és ismereteit oktatási kurzusokon adja tovább. Tanította a Biztonságtudományi Doktori Iskola PhD hallgatóit a terrorizmus kérdéseiről, és szemináriumokat szervezett a hírszerzés, valamint nemzetbiztonság témakörökben is. Elmondása szerint remek kutatókkal, nagyon segítőkész kollégákkal ismerkedett meg a Bánki Karon és a magyar kutatói közösségekben is, annak ellenére, hogy a járványügyi helyzet korlátokat szabott a személyes találkozásoknak. A lazításokat követően „Antiszemitizmus Magyarországon: Látszat és valóság” címmel rangos tudományos konferenciát szervezett. Ennek anyagából egy monográfia és egy antológia is megjelenik a közeljövőben. Jeffrey Kaplan tervei szerint egy ideig még Magyarországon marad, és szeretné folytatni, elmélyíteni az együttműködést, illetve hozzájárulni az Óbudai Egyetem nemzetközi elismertségéhez.