A rektor által kinevezett irodavezető irányítja, szakmai működését a tudományos koordinációért felelős rektorhelyettes hangolja össze az intézményi stratégiával; az Iroda az Egyetem valamennyi KFI, valamint kiemelt oktatási, intézmény- és infrastruktúrafejlesztési pályázatának központi koordináló szerve.

A Pályázati Iroda alapvető feladatai a pályázatok benyújtásához, a projektek megvalósításához, valamint a megvalósítás és a fenntartás monitorozásához, nyilvántartásához kapcsolódnak. Ennek keretében egyetemi szintű pályázatfigyelési feladatokat lát el mind hazai, mind nemzetközi területen, segíti a pályázatok benyújtását és gondozza az intézményi regisztrációkat; támogatja a projektek megvalósítását, ellátja a kapcsolattartást a donorokkal, előkészíti a támogatási és konzorciumi szerződéskötéseket, vizsgálja a projektek szakmai és pénzügyi előrehaladását, a projektkötelezettségek (indikátorok) teljesítését és a támogatás-felhasználást, mindezt tanácsadással és pénzügyi kontrollinggal segítve. Összegyetemi szinten nyilvántartásokat vezet a pályázati és projekttevékenységekről, illetve az ezekhez kapcsolódó információszolgáltatást végzi. Rektori jóváhagyással – elsősorban összegyetemi projektek esetén – projektmenedzsmenti feladatokat lát el, így az EKÖP és Sportösztöndíj Programokat koordinálja és menedzseli, emellett tevékenyen részt vesz a projektmegvalósításokat érintő egyetemi szabályozások, folyamatok és eljárásrendek kidolgozásában.