A Gazdasági Főigazgatóság a költségvetés tervezéséért, az átlátható és célszerű gazdálkodás kereteinek biztosításáért és nyomon követéséért, a finanszírozási, adatszolgáltatási, beszámolási kötelezettségek teljesítéséért, a pénzügyi, számviteli rend betartásáért, és az évközi gazdálkodás monitorozásáért felelős szervezeti egység, mely a Fenntartó által kinevezett gazdasági főigazgató irányítása alatt áll.