Az EKIK közvetlenül a rektor alá rendelt önálló szervezeti egység, amely több tudomány- és szakmai területen folytat tudományos kutató–fejlesztő–innovációs tevékenységet, valamint tudományszervezési és oktatási tevékenységet. Az EKIK Hivatal a EKIK önálló szervezeti egysége, amely a hivatal vezetőjének irányításával ellátja az EKIK igazgatási, szervezési, és ügyviteli adminisztrációs feladatokat.